Wir haben auf unseren Apache servern die Module mod_evasive (DoS) und mod_security2 (OWASP) installiert, damit kannst du schon eine ganze Menge abfangen und damit quasi einen Securiylayer um 'ungesicherte' Web-Applikationen legen.
Ansonsten gibt es wie gesagt 1000000 Moeglichkeiten in ein System einzudringen. Daher gilt auch die Regel, je weniger Informationen der Angreifer ueber das System herausfinden kann, desto schwieriger wird es fuer ihn. Wenn z.B. auf der Defaultseite schon zu lesen ist "Tomcat Server auf Debian x.y", dann kann der Hacker gezielt die bekannten Schwachstenn angreifen..