Na du startest das Programm ja selbst (Doppelklick z.b.). Auf Linux basierten Systemen u.ä. ist eine Konsolenanwednung deutlich öfter aufzufinden. Und dort sind aufrufe wie: ".\myProgram -valueOne -ValueTwo" durchaus gängig.
Selbst unter windows kennt man es, bei einer Verknüpfung noch ein parameter wie -windowed anzuhängen.
Diese Parameter würden bei Java dann als args[] erscheinen.