Wenn du die Datei vom JFileChooser erhälst, kannst du mit "File.exists()" nachgucken, ob sie schon existiert. In diesem Fall kannst du mit dem JOptionPane und einer der "showConfirmDialog" den Benutzer fragen, ob er die Datei überschreiben lassen will. Falls nein, öffnest du den JFileChooser einfach nocheinmal (das ganze in einer Schleife laufen lassen...).