was meinst du mit "Filesystem"? Das ist eigentlich ein Fachbegriff und bezieht sich auf die Struktur der Festpllate, z.B. NTFS, FAT, EXT, SWAP.... dieses Rad neu zu erfinden ist 1. sinnlos weil die bestehnden ihren Job sehr gut tun und 2. ohne Nutzen zwecks verbreitung und Aufwand.
Wenn du mit "Filesystem" den Zugriff von Java auf die Dateiverwaltung des OS (welche wiederrum auf dem Dateisystem aufsetzt) meinst, dann ist es ebenfalls sinnnlos weil java.io.File alles hat, was man braucht.
Wenn du es dennoch machen möchtest: Du brauchst JNI dafür und ergo auch C/C++ Code für alle OS' die du unterstützen möchtest.