Ich stimme auch meinen Vorredner zu. Würde aber, aber wirklich nur zum Testen, wie die GUI mal aussehen soll, mit den Window Builder von Ecplipse (oder dem von NetBeans) mir ne Oberfläche mit NullLayout zusammenbasteln, um mir einen Überblich zu verschaffen.
Wenn das dann allerdings geschehen ist, unbedingt (einen) LayoutManager benutzen. Mein am meisten verwendeter ist jgoodies FormLayout Manager, wobei auch GridBagLayout nicht schlecht ist. Evtl. zeigt sich bei deiner GUI dann auch, dass Verschachtelungen sinnvoll sind.