An deiner Stelle würde ich direkt mit der JEE 6 anfangen. Hat sich nicht viel geändert ist aber viel neues sinnvolles hinzugekommen.
Frameworks brauchst du keine nur einen zertifizierten Applikation Server. Alle Frameworks die in der JEE spezifiziert sind bringt ein Applikation Server direkt mit, muss er sogar sonst wärs kein Applikation Server.
Bisher ist der einzig vollständige Appliaktion Server Glassfish 3. Falls du dich mit der JEE nicht so gut Auskennst würd ich dir eher zu Netbeans raten, da dort alles dabei ist und man gerade am Anfang etwas mehr an die Hand genommen wird.