Die Preferences sind ein Baum. Wichtig ist, das es unterschiedliche Scopes gibt, je nachdem welche 'sichtbarkeit' die Preferences haben und wo sie gespeichert werden sollen.
Anschließend muss dafür gesorgt werden das du deine Preferences von denen der anderern PlugIns trennst, damit man sich nicht gegenseitig werte überschreibt (dafür der Plugin Qualifier). Zuletzt brauchst du dann noch den eigenen Key für dein Setting.
Du siehst: hat alles seinen Sinn und seine Richtigkeit.
Auch der Java Built-In Preferences Store ist nicht flach.