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So auf die schnelle:

[code=Java]

    public static void main(String[] args) {

        String testString = " Man kann die [[Zeilennummer des]] Quelltexttest [[explizit|angeben]] hier codeausschnitt......";

        Pattern pattern = Pattern.compile("\\[\\[.*?\\]\\]");

        Matcher matcher = pattern.matcher(testString);

        while (matcher.find()){

            if (matcher.group().matches(".*?\\|.*")){

                System.out.println(matcher.group().split("\\|")[0].replaceAll("\\[","").replaceAll("\\]",""));

            }

            else{

                System.out.println(matcher.group().replaceAll("\\[","").replaceAll("\\]",""));

            }

        }

    }

[/code]

Kann man bestimmt noch optimieren, wollte aber so schnell wie möglich antworten