Der Beep den du über Toolkit.getDefaultToolkit().beep(); erhältst, wird nicht über den PC-Speaker ausgegeben (zumindest unter Win nicht), sondern über die Soundkarte.
Es ist der Standart-Windows-Beep-Sound, der auch kommt, wenn man die Lautstärke verändert oder so sachen. Also solltest du schauen, ob dein Lautsprecher an ist, und dein Windows Sound auch.
nen C-Like Beep erhältst du mit:
System.out.println((char) 7);
in der Konsole, allerdings nicht portable das.