Ohne JNI geht es auch meiner Meinung nach nicht. Soweit ich weiß gibt es kein Windows-Kommandozeilentool zum Beenden der Netzwerkverbindungen und damit wäre dann auch eine Steuerung per ProccessBuilder nicht möglich. (Ich lasse mich aber gerne eines Besseren belehren, so ein Tool hab ich auch schon öfters benötigt).
Und da das Implementieren einer solchen JNI DLL doch einiges Rumwühlen in der Windows-API beinhaltet und damit auch tiefer gehende Kenntnisse in C++, C# oder VB vorraussetzt, sehe ich keinen Sinn mehr darin, die GUI dann noch unbedingt in Java zu schreiben. Da kann man gleich das komplette Programm in einer windowsnahen Programmiersprache verfassen, die Plattformunabhängigkeit wäre durch die Nutzung von JNI sowieso hinfällig.