Erstmal Vorsicht: Canvas ist eine AWT-Komponente, JPanel eine Swing-Komponente. Da man AWT und Swing nicht mischen sollte erübrigt sich die Frage schon mal.
Was man also gegenüberstellen muss ist Canvas und Panel (Ohne das "J", das ist dann wieder AWT). Und der Unterschied ist: Canvas ist (lediglich) zum Zeichnen und als Interaktionsfläche für Userinput (Maus- & Tastatureingaben) gedacht. Panel bietet diese Funktionalität auch, fungiert aber zusätzlich noch als Container, d.h. ein Panel kann als Layout-Komponente dienen (Du kannst Widgets da einfügen, zB Buttons usw).
Ich würde pauschal ein Panel nehmen. Oder eben JPanel, wenn du in Swing programmierst, aber da kommt Canvas wie gesagt eh nicht in Frage.