Für Windows:
Im Fenster von Windows-Taste + R
Für den eingeloggten Benutzer
shell:startup
Für alle Benutzer
shell:common startup
Dein Programm sollte ein Executable haben, welches in diesen Ordnern verknüpft wird. Das machen in der Regel Installer oder du machst das manuell, wenn du es nur für dich haben möchtest.
Es gibt noch einen weiteren Weg über die Registry, den werde ich aber nicht weiter ausführen, da er in erster Linie für Windows eigene Programme gedacht ist und hier einige Virenscanner anschlagen.