Frage zu replaceAll

[BigEarn]

Hallo zusammen,

Ich habe folgenden Java Code zum zählen von bestimmten buchstaben (in diesem fall das a) in einem String:

package aufgabe1;

public class Aufgabe3 {

	/**
	 * @param args
	 */
	public static void main(String[] args) {
		String s = "atgatccttaacggtaataaata";
		String t=s.replaceAll("[^a]","");
		int p=t.length();
		System.out.println("Die Anzahl ist: " + p);
	}
}

meine frage wie kann ich das ändern damit er alle kombinationen von buchstaben (z.B. die anzahl von "at" in diesem fall ja 4 stück) zählt?
Wie lang darf der String maximal sein? Brauche diese Programm zum aufschlüsseln von DNA sequencen 🙂

Vielen Dank schonmal für eure hilfe!

Mfg

 

[Marco13]

Falls die Aufgabe nicht explizit lautet "Mach' das mit RegEx", habe ich nur einen Tipp: Mach' das NICHT mit RegEx 😉

Die Aufgabe sollte sich mit einer Schleife und String#indexOf lösen lassen. Dort kann man auch angeben, von welcher Stelle ab gesucht werden soll. Am Anfang würde man von Stelle 0 an suchen, und dann (falls der Index, an der die Sequenz gefunden wurde, nicht -1 ist) von der Stelle index+1 an. Philosophische Fragen, wie ob der String
"ababab"
den String
"abab"
nun einmal oder zweimal enhält, mal außen vor gelassen (ggf. von "index+subSequence.length()" ab weitersuchen)

 

[BigEarn]

Ne das muß nicht unbeding mit RegEx gemacht werden eine Schleife würde auch gehen.
Hab es selbst schon damit versucht aber das will nicht so richtig laufen. Hab es versucht über substring(,) und dann mit equal zu vergleichen.

Kannst du mir vielleicht nen code posten mit dem das gehen würde vll seh ich dann ja wo mein ansatz falsch war?

Mfg

 

[Antoras]

Ich hab ne noch bessere Idee: Du postest deinen Code, damit wir sehen können was falsch ist. Und während du den Code schreibst, den du uns zeigen möchtest, damit wir ihn überprüfen können, findest du den Fehler vllt. selbst.

 

[BigEarn]

Also so in etwa wollte ich das mit ner schleife lösen:

package aufgabe1;

public class DNAzählen {

	/**
	 * @param args
	 */
	public static void main(String[] args) {
		String t, s="atgatccttaacggtaataaata";
		int z=0, i, k=s.length();
		for (i=0; i<=k; i=i+1)
		{
			 t=s.substring(i,i+1);
			 {
			 if (t.equals("a"))
					z=z+1;
				else
					z=z+0;
		}

	}
		System.out.println("Die Anzahl ist: " + z);
	}
}

und das kommt dann als fehler raus:

Exception in thread "main" java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range: 24
at java.lang.String.substring(Unknown Source)
at aufgabe1.DNAzählen.main(DNAzählen.java:13)

und um da dann eine buchstaben folge zu zählen wollte ich bei
t=s.substring(i,i+1); das i+1 mit i+2 oder halt der anzahl der buchstaben ersetzen.

 

[XHelp]

Die Schleife ist falsch
[JAVA=11]
for (i=0; i<k; i=i+1) //nicht <=
[/code]

Wenn du es mit i+x machen willst, dann musst du aufpassen, dass du da auch nicht über die Länge hinaus gehst.

 

[gman]

Hi,

else
     z=z+0;

kannst du übrigens weglassen, das hat ja keine Auswirkungen.

 

[BigEarn]

ah super da war mein fehler danke 🙂

und wenn ich das dann mit i+2 mache muß ich dann bei der schleife ein k-1 machen. Kann man das iwie automatisieren oder muß ich den k wert in der schleife für jede länge selbst einstellen?

 

[gman]

Tipp: Wenn du immer zwei Buchstaben weitergehst bist du ja doppelt so schnell durch das Array
durch. k - 1 reicht also nicht.

 

[XHelp]

Im Grunde ja, aber ich würde mir den Post von Marco noch mal durchlesen.

 

[BigEarn]

Hab das jetzt so gelöst:

String t, s="atgatccttaacggtaataaata";
		String v="at";
		int z=0, i, k=s.length(),l=v.length();
		for (i=0; i<=k-l; i=i+1)
		{
			 t=s.substring(i,i+2);
			 {
			 if (t.equals(v))
					z=z+1;
		}

	}
		System.out.println("Die Anzahl ist: " + z);
	}
}

kann ich das noch iwie einfacher machen?
hm wenn ich da dann den string v auf a einstelle gibt der mir wieder einen fehler aus...

Und vielen dank für die hilfe habt mir sehr geholfen 🙂

 

[XHelp]

Sowas könnte bestimmt auch funktionieren:

String s="atgatccttaacggtaataaataa";
String v="aa";
int z=0;
int i=0;
while ((i=s.indexOf(v,i))!=-1) {
  i+=v.length();
  z++;
}

 

[BigEarn]

Ja super das funktioniert auch richtig gut. Danke

bei dem vorherigen code hab ich den fehler gemacht:

t=s.substring(i,i+l);  // und nicht i+2

jetzt funtzt das auch richtig schön.

 

[XHelp]

Dein Code sieht auch etwas komisch aus. Da wo man geschweiften Klammern verwenden sollte (if-Abfrage) hast du keine, dafür steht ein Teil deines Codes in einem Block, der nicht nötig ist.

 

[slawaweis]

meine frage wie kann ich das ändern damit er alle kombinationen von buchstaben (z.B. die anzahl von "at" in diesem fall ja 4 stück) zählt?
Wie lang darf der String maximal sein? Brauche diese Programm zum aufschlüsseln von DNA sequencen 🙂

ich weis jetzt nicht, ob ich das Problem richtig verstanden habe, aber wenn Du alle möglichen Kombinationen von Sequenzen zählen willst, musst Du es mit einer verschachtelten Schleife und einer HashMap machen. Du gehst dabei alle möglichen Längen eines Teilelementes durch, hier wäre es 1 bis s.length, und verwendest eine HashMap um die Ergebnisse für die einzelnen Teilelemente zu speichern.

Slawa

 

[BigEarn]

Hab versucht herauszufinden was du meinst aber iwie steh ich wohl gerade auf der leitung 🙂

Magst du mir das vllt einmal ändern vllt seh ich dann was du gemeint hast.

 

[BigEarn]

@ slawaweis

also es geht darum das ich aus einer in diesem Fall langen DNA sequenz alle stellen wo z.B. at hintereinander vorkommen zählen muß. und diese zahlenfolge (at) wollte ich halt immer ändern wals ich nach anderen elementen in der sequenz suche.
Wie viele stellen kann der string zum durchsuchen eg maximal haben?

 

[slawaweis]

also es geht darum das ich aus einer in diesem Fall langen DNA sequenz alle stellen wo z.B. at hintereinander vorkommen zählen muß. und diese zahlenfolge (at) wollte ich halt immer ändern wals ich nach anderen elementen in der sequenz suche.

kurz gesagt, Du suchst die Häufigkeit einer Liste von Schlüsselwörtern in einem String. Dazu gibt es zahlreiche Algorithmen, einen effizienten haben ich hier gepostet:

http://www.java-forum.org/java-basi...hnelles-durchsuchen-dateien-2.html#post687604

Wie viele stellen kann der string zum durchsuchen eg maximal haben?

(2^31)-1, also 2.147.483.647 Stellen.

Slawa

 

[BigEarn]

Danke für die antworten habt mir sehr geholfen 🙂

@ slawaweis

ja danke das werd ich aufjeden fall mal ausprobieren.

(2^31)-1, also 2.147.483.647 Stellen.

Ja das sollte doch ausreichen 😉

MFG