Also für Websites würd ich mich eher mit sowas beschäftigen, JAVA ist wie du richtig erkannt hast eigentlich eher für Programme (Von Applets abgesehen)
Schwachsinn.
Scheinbar mag dir hier niemand richtige, ausführliche und weitesgehend vollständige Auskünfte erteilen.
1.) Java allgemein
Wenn du Java kannst, kannst du so ziemlich für alles Programme schreiben - außer hardware-/betriebssystemnahe Sachen (z. B. Bildschirmschoner, Viren, direkte Kommunikation mit dem Betriebssystem, ...).
Für Java auf dem Desktop gibt es die J2SE Version. Damit erstellst du Programme wie bspw. OpenOffice, Notepad, einen Taschenrechner, einen Terminkalender, ...
Um mit Java eine "Website zu programmieren" (wie du es nennst) gibt es J2EE. Mit J2EE erzeugst du in erster Linie dynamischen HTML-Seiten erzeugen (wie du sie von Lokalisten, studivz, xing, ... kennst), aber auch dynamisch generierte Bilder, Excel-Listen, PDFs, ... sind ohne Probleme möglich. Zusätzlich wird dir deine Arbeit von einer Fülle von Layouts und Tools erleichtert (aber erstmal die Basics selbst erarbeiten).
Eine ganz andere Facette ist J2ME. Damit kannst du Programme auf mobilen Endgeräten wie bspw. einem Handy oder einem PDA erstellen.
JavaCard ermöglicht es dir Programme für Chipkarten zu erzeugen. Prinzipiell kannst du auch Java Programme für deine Katze schreiben, sofern diese eine Java Virtual Machine besitzt

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Der älteste Einsatzort für Java sind wohl Applets. Applets sind wie Desktopprogramme, nur dass sie auf Websites eingesetzt werden. Applets werden heutzutage aber so gut wie nicht mehr eingesetzt. Du erkennst veraltete Tutorials meist daran, dass sie dir gleich zu Beginn ein Applet "aufs Auge drücken" wollen.
Siehe hierzu auch
Java Blog Buch : 01.01 Java - Was ist das eigentlich?
Java Blog Buch : 01.02 Einsatzgebiete von Java
2.) Java im Vergleich zu PHP
Beides ist kostenlos, beides hat eine große Community, mit beiden kannst du dynamische Websites programmieren. Mehr geht mit PHP aber nicht, von daher ist Java hier vielseitiger. Ich vergleiche das eigentlich immer so:
PHP ist für Leute, die ein wenig Spielen wollen, privat dynamische Websites im kleineren Umfang betreiben, oder eine dynamische Website billig hosten wollen (Für dynamische Websites muss dein Server unterschiedliche Voraussetzungen erfüllen, die für PHP meist billiger zu bekommen sind als für Java).
J2EE hingegen ist das, worauf Firmen und große Plattformen eher setzen. Meiner Meinung nach ist es vielseitiger, flexibler und strukturierter als PHP. Aber auch komplexer und komplizierter.
Bezüglich beruflicher Aussichten, wirst du in Java fast nur noch im J2EE Bereich etwas finden. Natürlich gibt es auch Stellen im J2SE und J2ME Bereich, J2EE liegt hier aber deutlich vorne. Im Vergleich zu einem PHP Entwickler dürfte (bei sonst exakt gleichen Bedingungen) ein J2EE Entwickler mehr verdienen.
3.) Java lernen
Als Tipp:
Java Blog Buch : 00.07.01 Wie lerne ich Programmieren (Java)?
Java lernt man von Anfang an. Fang mit den Basics an, vertiefe diese, schau dir Datenbanktechniken, XML, HTML und Co an, und erst dann kommt der Schritt in die J2EE Welt. Dort wirst du dich auch zuerst mit den einfachsten Dingen beschäftigen. Anschließend hast du Zeit, dir ein paar geeignete Frameworks anzusehen.
Die Aussage, dass du Java, PHP, HTML, JavaScript und was weiß ich was gleichzeitig durcheinander und gekoppelt lernen sollst, halte ich für ungeeignet. Erstmal eine Programmiersprache richtig können, dann fällt der Umstieg auf eine andere Sprache nicht mehr soooooo schwer. Das ist immer viel besse als viele Spachen ein bisschen zu können.
4.) Als Tipp für dich:
Du brauchst Zeit! Viel Zeit! Und musst ständig an dir und deinen Programmen arbeiten. Sonst lernst du die Programmierung nicht.
Ich hoffe das war jetzt ein wenig ausführlicher und hilfreicher

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Gruß
The_S