1. Probieren geht über studieren
2. Es bietet sich an, Quelltext und Class-Files in separaten Verzeichnissen zu haben.
Durch die saubere Trennung lassen sich viele Dinge einfacher regeln. Bei der Arbeit mit Repositories (z. B. git), oder beim Säubern von Projekten (clean) usw. braucht man sich keine Gedanken zu machen, dass man die falschen Dateien erwischt. Auch beim Bilden von Zip-Files (.jar) kann man einfach auf einen kompletten Verzeichnisbaum zurückgreifen usw. usw.