Das heißt, dass die JVM (bzw. der für das Laden der Klasse verantwortliche ClassLoader - in diesem Fall der System ClassLoader) in dem ihm zur Verfügung gestellten ClassPath (bei dem java Kommando etwa per -cp ... angebbar) die angefragte Hauptklasse nicht finden konnte.
Also in einem Aufruf von etwa: `java -cp leererOrdner/ meine.Klasse` sagst du ja, dass du meine.Klasse ausführen willst. Das ist die Hauptklasse. Da der Classpath, welcher in diesem Beispiel aus dem Ordner "leererOrdner" besteht (der mal angenommen wirklich leer ist), die Klasse in Form einer Klasse.class Datei innerhalb eines Ordners "meine" nicht enthält, meckert die JVM rum.
Dasselbe gilt auch für JAR-Dateien (also statt Ordner).
Wenn du das Ganze per IDE aufrufst, dann hängt es von der IDE ab, wie du da den Classpath konfigurierst, welcher dann immer in einen java.exe oder javaw.exe Aufruf mit entsprechenden -cp/-classpath Argumenten übersetzt wird.