Am sinnvollsten ist es meistens, diese Bereiche auch wirklich transparent zu machen (mit einem Zeichenprogramm). Wenn du die Arbeit aber lieber per Hand in Java bei jedem Programmstart neu machen (oder jedes mal eine andere Farbe als "transparent" ansehen?!) willst, kannst du entweder die Pixel einzeln mit image.getRGB(x,y) und image.setRGB(x,y,rgb) verändern, oder sowas wie ColorConvertOp/LookupOp verwenden. (setRGB/getRGB wäre vmtl. "einfacher").